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漆黑的夜晚,一名间谍悄然潜入日本警方某机构,盗走了记载着各国谍报机构重要数据的绝密文件的绝密数据。日本警方和FBI探员赤井秀一(池田秀一 配音)旋即与间谍展开追逐。最后,逃亡者的车辆坠落悬崖。第二天,柯南(高山南 配音)和伙伴们来到东都水族馆观光,结果发现一名受伤的美丽女子(天海佑希 配音)。该女子处于失忆状态,身上的手机也破损无法使用。柯南等人答应要帮她恢复记忆,当他们七嘴八舌之际,藏在暗处的黑衣组织成员贝尔摩德(小山茉美 配音)冷冷地注视着这一切。在相处过程中,女子非凡的身手和奇怪的言行举止让灰原哀(林原惠美 配音)对其真实身份产生怀疑。
刚刚还一派祥和的水族馆,沉浸在快乐之中的人们,根本会想到随着那名神秘女子技艺的恢复,自己马上就要被卷入黑暗组织的杀戮和混乱之中……
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